La cuantificación de ADN y ARN es una de las tareas más esenciales en biología molecular, genética, biotecnología y diagnóstico clínico. La calidad y cantidad de los ácidos nucleicos determinan el éxito de técnicas como PCR, qPCR, secuenciación, clonación, transcriptómica, edición genética y numerosos procedimientos analíticos.

Existen varios métodos para cuantificar ADN y ARN, pero los tres más importantes —y más utilizados en laboratorios modernos— son:

• Espectrometría UV-Vis (Nanodrop y espectrofotómetros tradicionales)

• Fluorometría (Qubit, PicoGreen, RiboGreen, SYBR Green)

• Electroforesis (en gel o capilar)

Cada técnica tiene ventajas particulares, limitaciones y condiciones en las que es más adecuada. En este artículo encontrarás una guía completa, con enfoque práctico y técnico, para elegir el método ideal según el tipo de experimento, sensibilidad requerida y pureza esperada.

1. Por qué es importante cuantificar ADN y ARN correctamente

Antes de comparar métodos, es fundamental entender la relevancia de una buena cuantificación:

✔ Control de calidad del material genético

La integridad y pureza influyen directamente en la eficiencia de amplificación y la fidelidad en secuenciación.

✔ Optimización de protocolos

Cada ensayo requiere concentraciones específicas (por ejemplo, 20–50 ng/µL para PCR o cantidades mucho menores para qPCR).

✔ Detección de contaminación o degradación

La contaminación con proteínas, sales, etanol, fenoles o ARNasa altera los resultados.

✔ Asegurar reproducibilidad

Experimentos de clonación, transcriptómica o proteómica dependen de resultados consistentes.

2. Método 1: Espectrometría UV-Vis (Nanodrop)

La espectrometría UV-Vis es el método más común y rápido para cuantificar ADN y ARN. Mide la absorbancia a longitudes de onda específicas:

• 260 nm → absorbancia máxima de los ácidos nucleicos

• 280 nm → absorbancia de proteínas aromáticas

• 230 nm → absorbancia de sales, solventes y compuestos orgánicos

2.1. Ventajas del método UV-Vis

✔ Rápido y sin reactivos
Sólo requiere colocar la muestra directamente en el Nanodrop o en una cubeta.

✔ Permite evaluar pureza mediante las razones:

• A260/A280 (debe ser 1.8 para ADN y 2.0 para ARN)

• A260/A230 (ideal >2.0)

✔ Método económico a largo plazo.

✔ Detecta todos los ácidos nucleicos presentes, incluso fragmentados.

2.2. Limitaciones

✘ Baja sensibilidad
No detecta concentraciones menores a 1–2 ng/µL.

✘ Mide todo lo que absorbe a 260 nm, incluyendo:

• nucleótidos libres

• ARN degradado

• ADN fragmentado

• contaminantes

✘ No distingue ADN de ARN

2.3. Cuándo usar espectrometría UV-Vis

Ideal para:

• ADN genómico de alta calidad

• ARN total purificado

• Verificar pureza antes de qPCR o clonación

• Cuantificación rápida de muchas muestras

3. Método 2: Fluorometría (Qubit y colorantes específicos)

La fluorometría es actualmente el método más preciso para cuantificar ADN o ARN porque utiliza colorantes que se unen específicamente a los ácidos nucleicos.

Los más utilizados son:

• PicoGreen → ADN de doble cadena (dsDNA)

• RiboGreen → ARN

• Qubit DNA / RNA kits → alta especificidad

3.1. Ventajas de la fluorometría

✔ Altísima sensibilidad
Detecta cantidades tan bajas como 0.01–0.1 ng/µL.

✔ Especificidad
Los reactivos distinguen entre:

• ADN vs ARN

• dsDNA vs ssDNA

• ARN íntegro vs fragmentado

✔ No se ve afectado por contaminantes orgánicos como en el Nanodrop.

✔ Ideal para secuenciación donde la concentración debe ser exacta.

3.2. Limitaciones

✘ Requiere reactivos consumibles
✘ Preparación de estándares
✘ No evalúa pureza
✘ Menor velocidad si hay muchas muestras

3.3. Cuándo usar fluorometría

• Preparación de bibliotecas para NGS

• Experimentos de qPCR, RT-qPCR

• Estudios de expresión génica

• Cuantificación de ácidos nucleicos en muestras degradadas

• Ensayos sensibles con bajo rendimiento de extracción

4. Método 3: Electroforesis (gel y electroforesis capilar)

La electroforesis no sólo cuantifica, sino que evalúa la integridad del ADN o ARN.

Dos variantes clave:

• Gel de agarosa (método clásico)

• Bioanalyzer o TapeStation (electroforesis capilar automatizada)

4.1. Ventajas de la electroforesis

✔ Permite evaluar tamaño, integridad y fragmentación
✔ Detecta contaminación con ARNasa o DNAsa
✔ Muestra patrones característicos según el tipo de ácidos nucleicos

4.2. Limitaciones

✘ No es el método principal para cuantificar, sino para evaluar integridad.
✘ Sensibilidad moderada
✘ Se requiere tiempo y preparación

4.3. Cuándo usar electroforesis

• Verificar intactidad del ARN total (bandas 28S y 18S)

• Comprobar ADN genómico antes de clonación

• Evaluar fragmentos para NGS

• Verificar degradación por almacenamiento

5. Comparación directa entre UV-Vis, fluorometría y electroforesis

6. ¿Cuál método deberías elegir según tu experimento?

PCR convencional:

UV-Vis o fluorometría

qPCR / RT-qPCR:

Fluorometría obligatoria

Secuenciación (NGS):

Fluorometría + electroforesis capilar

Clonación molecular:

UV-Vis o fluorometría

Estudios transcriptómicos:

Fluorometría + evaluación de integridad del ARN

7. Errores comunes al cuantificar ADN o ARN

• No homogeneizar la muestra antes de medir

• Usar puntas contaminadas con EDTA, fenol o sales

• No limpiar el Nanodrop entre mediciones

• Exponer el ARN a temperaturas ambiente prolongadas

• Usar estándares vencidos en fluorometría

• Interpretar la razón A260/A280 sin considerar el A260/A230

La elección del método de cuantificación de ADN y ARN depende del tipo de experimento, la precisión requerida y el estado de la muestra. La espectrometría UV-Vis es rápida y económica, la fluorometría es la más precisa y sensible, y la electroforesis es indispensable para evaluar integridad.

Para laboratorios modernos, la combinación de fluorometría + electroforesis representa el estándar más confiable para garantizar resultados reproducibles y de alta calidad.

FAQs sobre cuantificación de ADN y ARN

1. ¿Qué método es mejor para cuantificar RNA?

La fluorometría con kits específicos (como Qubit RNA) es la más precisa.

2. ¿Puedo usar Nanodrop para secuenciación?

Se desaconseja como único método; combina fluorometría + Bioanalyzer.

3. ¿Qué significa si el A260/A280 es menor a 1.8?

Posible contaminación con proteínas.

4. ¿Qué significa si el A260/A230 es <2.0?

Contaminación con sales, solventes o compuestos orgánicos.

5. ¿La fluorometría detecta ADN degradado?

Detecta cantidad, pero no integridad. Para integridad, usa electroforesis.